公司为学校重点建设的6个研究型学院（部）之一，建有省部共建国家重点实验室培育基地、教育部重点实验室、教育部创新团队、重庆市重点实验室、重庆市工程技术中心、重庆市发改委工程实验室、重庆市高校重点实验室、国家级科普教育基地；建有国家甘薯产业技术体系重庆综合试验站、国务院三峡办三峡工程生态与环境监测系统——汝溪河重点站等研究平台。学院也是重庆市植物学会、重庆市动物学会、重庆市生态学会、重庆市遗传学会和中国生态学学会种群生态专业委员会挂靠单位。“十一五”以来，学院科研工作发展迅速，先后主持“973”计划、“863”计划、国家科技支撑计划、国家自然科学基金重点项目等省部级以上项目230余项，立项经费逾1亿元；发表学科级以上及SCI收录论文370余篇，出版专著、教材、科普读物等30余部，获得省部级以上奖励10余项、发明专利40余项，育成国家级、省市级甘薯新品种40余个，优良林木新品种4个。